どどんとふの背景色を変えたい人は意外と多いようです。
方法が幾つかありますので、改めてご紹介。
それぞれ、swf本体を編集しコンパイルして使用して下さい。

変更方法その1： src_actionScript\DodondoF.mxml

<mx:Application
   xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml"
   xmlns:torgtaitai="*"
   pageTitle="{Language.s.title}"
   applicationComplete="setup()"
   layout="absolute"
   fontSize="{Config.fontSize}"
+  backgroundColor=”#a87777″ // この行を挿入
>

変更方法その2： src_actionScript\DodondoF.mxml

<mx:Application
   xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml"
   xmlns:torgtaitai="*"
   pageTitle="{Language.s.title}"
   applicationComplete="setup()"
   layout="absolute"
   fontSize="{Config.fontSize}"
>
↓コメントを消して以下を挿入。
<mx:Style>
   Application {
   backgroundColor: #7e949f; //デフォルト色の指定
   backgroundImage: null; 　 //グラデーションの無効化
   }
</mx:Style>

画像なしを指定することで背景色のグラデーションが消えます。
背景に画像を使用する場合は、関連記事を参照して下さい。

参考例　：英国メイドサーバー
関連記事：DodontoF.swfの編集 / UI上で背景色の変更 / 背景画像の変更

どどんとふの上部メインメニューには、グラデーションが掛かっています。
背景色を変えた場合、白く表示され目立ってしまいます。
この問題は、アルファ値を変更することで軽減できますが、消去は出来ません(たぶん)。
また、色やハイライトの調整などの細かい変更も出来ません(きっと)。

変更点： src_actionScript\DodondoF.mxml

<mx:ApplicationControlBar 
     id="mainMenu"
     dock="true" horizontalGap="0"
-    fillAlphas="[0.9, Config.windowAlpha]"
+    fillAlphas="[0.1, 0.1, 0.1, 0.1]" //アルファ値を変更 
     enabled="false"
     >

参考例　：英国メイドサーバー
関連記事：DodontoF.swfの編集

どどんとふの設置で一番詰まりそうな所を保存しておきます。
以下、インストール済み。
Ubuntu16.04LTS(ZorinOS12.4)
PHP7.3
Nginx1.15.8

＃各種インストール
どどんとふはRubyで書かれたCGIなので、NginxでRuby/CGIが動作する環境を作ります。

sudo apt install spawn-fcgi
sudo apt install ruby
sudo apt install ruby-fcgi #忘れずに

#使用ポートの開放
TCP/IPで接続する場合は、使用ポートを開放する。

sudo ufw allow 9009

#Nginx 設定追加
/etc/nginx/default.conf

location ~ \.rb$ {
fastcgi_pass    127.0.0.1:9009; #TCPの場合、使用ポートを入力
#fastcgi_pass    unix:/var/run/ddntf.sock; #Unix socketの場合
fastcgi_index   index.html;
include        /etc/nginx/fastcgi_params;
}

＃どどんとふサービス登録
Nginxがリダイレクト先のspawn-fcgiプロセスを起動するサービスを作成
/etc/systemd/system/ddntf.service

[Unit]
Description=ddntf
Wants=nginx.service
After=nginx.service

[Service]
#TCP
ExecStart=/usr/bin/spawn-fcgi -d /www/DodontoF -f /www/DodontoF/DodontoF.rb -u nginx -g nginx -a 127.0.0.1 -p 9009 -F 8 -P /home/www/ddntf/ddntf.pid

#Unix Socket
#ExecStart=/usr/bin/spawn-fcgi -d /www/DodontoF -f /www/DodontoF/DodontoF.rb -u nginx -g nginx -a 127.0.0.1 -s /var/run/ddntf.sock -F 8 -P /home/www/ddntf/ddntf.pid

[Install]
WantedBy=multi-user.target

＃サービスの自動起動化

sudo systemctl enable ddntf.service
sudo systemctl start ddntf.service

＃DodontoF.rb作成
DodontoFSarver.rbと同ディレクトリに作成。
Shebang(#!/usr/bin/ruby等)は環境によるので which ruby で確認して変更。
/www/DodontoF/DodontoF.rb

#!/usr/bin/ruby -Ku
#--*-coding:utf-8-*--
Encoding.default_external='utf-8' if defined?(Encoding) && Encoding.respond_to?('default_external')

require 'rubygems'
require 'cgi'
require 'fcgi'
require 'logger'

$logger = Logger.new('./fcgi.log')
$logger.level = Logger::WARN

$logger.info(" load")
load 'DodontoFServer.rb'

$logger.info("### FCGI.each start")
FCGI.each do |fcgi|
$logger.info("do")
begin
$logger.info(" begin")
$stdout = fcgi.out
$stdin = fcgi.in
ENV.replace(fcgi.env)

$logger.info(" execute")
executeDodontoServerCgi()

fcgi.finish
$logger.info(" finish")
rescue Exception => e
$logger.fatal(e)
end
$logger.info("end")
end
$logger.info("### FCGI.each end")

#パーミッション変更

sudo chmod +x DodontoF.rb
sudo chown nginx:nginx DodontoF.rb

#動作確認

sudo systemctl ddntf

問題なければ、どどんとふをマニュアルに沿って設置しましょう。
ブラウザで実際見て正常に表示されない場合は、まず各ファイルのパーミッションを確認。
Nginxの場合はポートやfastcgi_params等の設定を見直します。
Nginxやシステムのログが参考になるので、必ず見ましょう。